一般顯微鏡從用途上可以分為工業用顯微鏡和生物用顯微鏡。
工業顯微鏡，顧名思義，主要是應用在工業上，因物鏡與觀察體距離較大，可進行鏡下操作，可視范圍教大。而工業上的應用主要就是觀測材料，工業材料大部分非透明的，比如金屬、復合材料、電子半導體器件。
相對于生物顯微鏡主要應用于生命科學領域，觀測的主要是細胞、病菌、組織等等，絕大多數是透明物體。由于觀察試樣的透明與非透明也就決定了兩種顯微鏡在結構上的最大不同：光路的不同，工業顯微鏡大多是反射照明光路既落射式照明(也有一些是帶有透反兩個光路或應用在地質方面的純透光路)，而生物顯微鏡除了熒光顯微鏡之外都是純透射鏡組，沒有反射光路。在透鏡組的材料使用方面也與普通生物顯微鏡有所不同，根據不同品牌，透鏡組的材料不同。
